Лаборатории исследования природы порталов Лаборатория, в которой происходят действия игры, также упоминается в Half-Life 2: Episode Two. В частности, говорится, что в стремлении обогнать исследовательский центр «Чёрная Меса» (в Portal игрок может найти один из кабинетов, в котором проектор меняет слайды, демонстрирующие планы по обгону Чёрной Месы и её опережению в получении правительственного гранта), не жалея средств, учёные «Лаборатории исследования природы порталов» построили могучее оружие — корабль «Борей».
Это, на данный момент, единственное, что связывает две игры, хотя представители Valve обещали, что сюжет Portal отразится на сюжете новых игр вселенной Half-Life 2.
Скорее всего, подробностей следует ожидать от Half-Life 2: Episode Three, так как именно в нём Аликс Вэнс и Гордон Фримен отправятся на изучение «Борея».
